大規模ゲノムコホート解析システム 一式
入札情報
- 品目分類：14
- 種別：意見招請
- 調達方法 購入等
- 導入目的 大震災からの復興に資するべく、東北地区の地域医療の再生と大規模コホート研究を2つの柱とした東北メディカル・メガバンク計画が立案された。その柱の1つであるコホート研究では、3世代の家系情報を用いる垂直コホートと地域検診と連携した地域コホートを特徴とした、約15万人の個人ゲノムの解読によるゲノムコホートが推し進められている。また、ゲノム配列解析によるゲノム情報と診療/健康情報、血液などのサンプルを匿名化して一元管理するバイオバンクの整備が進められている。このバイオバンクは、臨床医学研究の進行に必須の基盤であり、これらの情報を解析することにより、疾患・薬効と遺伝子変異との関係を明らかにし、生活習慣病などの疾患予防に役立てるとともに、ゲノムベースでの個別化医療の実現のための基盤となる。個人ゲノム配列を解読し、表現型情報、疾患・薬効と遺伝子変異との関係を明らかにするためには、新型シークエンサでの塩基配列解読後、マッピング、アセンブル、多型解析、遺伝統計解析、医療情報との統合解析等の一連の解析を行う必要があるが、新型シークエンサでは大量のデータが産出され、通常の計算機では解析に時間を要し大規模なゲノムコホートを展開することが不可能となる。そこで、匿名化されたゲノムコデータをセキュアに管理し、大規模な解析を行うために必要な計算機システムを調達するものである。
- 導入予定時期 平成25年度10月以降
- 本システムは、共有メモリ型大規模サーバ1式（医療情報解析サーバ）及び分散メモリ型サーバ1式（ゲノム解析サーバー）、分散メモリ型webサーバ1式、高速磁気ディスクアレイ装置1式、ＤＮＳサーバ1式、ＬＤＡＰサーバ1式及び複数台のワークステーションから構成され、高速ネットワークシステムにより一体化したシステム運用が可能であること。
- 共有メモリ型サーバは、256以上のＣＰＵコアを有し、4ＴＢ以上の主記憶容量を有すること。500ＴＢ以上のＲＡＩＤ対応高速磁気ディスクアレイ装置を備えていること。
- 分散メモリ型サーバは、1ノード当たり16個以上のＣＰＵコア及び128ＧＢ以上の主記憶容量を有し、250ＧＢ以上のソリッドステートドライブ（ＳＳＤ）を備え、全体で640ノード以上を有すること。
- 分散メモリ型webサーバは、1ノード当たり16個以上のＣＰＵコア及び128ＧＢ以上の主記憶容量を有し、20ＴＢ以上の磁気ディスク装置を備え、全体で8ノード以上を有すること。
- 高速磁気ディスクアレイ装置は、ＲＡＩＤ6で実効 30ＰＢ以上を有し、すべてのサーバから高速にアクセス可能なこと。ただし、その一部（10ＰＢ）は解析用のため、非ＮＦＳの高速共有ファイルシステムで構成されていること。残り20ＰＢは保存用ストレージとして拡張性が重要となる。
- 高速ネットワークシステムは各サーバを10Gbps以上の通信性能で接続できること。
- 現有ソフトウェア資産の移植などの新システムへの移行性については十分な配慮を行うこと。
参考になるかもしれない落札情報
- 大規模ゲノムコホート解析システム
- 2件
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