スーパーコンピュータシステム 一式
入札情報
- 品目分類：14
- 種別：意見招請
- 調達方法 借入
- 導入目的 遺伝学研究所のスーパーコンピュータシステムは、(1)国際ＤＮＡデータベース事業のアジア拠点機能の提供、(2)バイオインフォーマティックスセンターとして実験研究者への解析環境の提供、(3)理論研究者への計算資源の提供を3つの柱とするサービスの提供を行ってきた。そのための設備として、(1)ＤＤＢＪデータベース構築のための計算機資源、(2)各種検索解析サービスおよび独自サービス構築提供のための計算機資源、(3)所外研究者に計算機能力を提供するための計算機資源の3つをほぼ均等に配備してきた。本システムは、過去5年間にわが国および世界の生命科学研究が大きな転換期を迎えているのを受け、現行のＤＤＢＪ構築事業を継続しつつ、生物科学研究の新しい動向に対応したデータ構築業務及びサービスの提供を行うために導入するものである。
- 導入予定時期 平成23年度2月以降
- 調達に必要とされる基本的な要求要件Ａ 本システムは、スーパーコンピュータ、大容量外部記憶装置、Web公開系・ＤＢ構築系サーバー群およびネットワーク装置から構成されること。Ｂ スーパーコンピュータは複数の計算ノードを回路網で接続した分散記憶型並列計算機であること。計算ノードは、異なるＣＰＵ数、メモリサイズ、ローカルディスクサイズを有する3つのクラス（thin 、medium、ft）の計算ノード群によって構成されること。ノード単体あたりの理論ピーク性能が144ＧＦＬＯＰＳ（倍精度浮動小数点演算）以上であり、クラスタはＧＰＧＰＵを除いた理論ピーク性能の総和が172ＴＦＬＯＰＳ（倍精度浮動小数点演算）以上であること。Ｃ 全てのノードにおいては同バージョンのLinuxが動作すること。ノード内のすべてのＣＰＵはｘ86-32およびｘ86-64ビットの命令体系を有すること。ノード間を結ぶ回路網のデータのインジェクションバンド幅は 40Gbps以上とすること。また、全体のネットワークのバイセクションバンド幅は（インジェクションバンド幅×ノード数）/2以上であること。Ｄ Ft計算ノードは合計 32コア以上のｘ86-64ビットＣＰＵコアを持つこと。計算ノード単体あたり1ＴＢ以上の主記憶を持つこと。ノードごとに8ＴＢ以上の磁気ディスクドライブを備えること。クラスタ全体としてFt計算ノードを2個以上備えること。Ｅ Medium計算ノードは合計12コア以上のｘ86-64ビットＣＰＵコアを持つこと。計算ノード単体あたり96ＧＢ以上の主記憶を持つこと。ノードごとに400ＧＢ以上のＳＳＤを備えること。ＳＳＤの合算リード性能は400ＭＢ/ｓ以上、ライト性能は140ＭＢ/ｓ以上であること。計算ノード全体の30％以上をMedium計算ノードとすること。Ｆ Thin計算ノードは合計 12コア以上のｘ86-64ビットＣＰＵコアを持つこと。ノードあたり48ＧＢ以上のＣＰＵメモリを持つこと。ノードごとに400ＧＢ以上のＳＳＤを備えること。ＳＳＤの合算リード性能は400ＭＢ/ｓ以上、ライト性能は140ＭＢ/ｓ以上であること。Thin計算ノードの約15％に1ＴＢ以上のＳＳＤを搭載すること。Ｇ Thin計算ノードの約15％にＧＰＧＰＵを1本以上搭載すること。ＧＰＧＰＵの性能は、チップ当たりの単精度のピーク性能が1ＴＦＬＯＰＳ以上、倍精度のピーク性能が500ＧＦＬＯＰＳ以上とすること。これはＰＣＩ Express Gen−2×16のフルバンド幅でＣＰＵや他Ｉ/Ｏに接続されること。将来の拡張に備えて、全てのThin計算ノードおよびMedium計算ノードはＧＰＧＰＵの装着スロットを2つ以上有することが望ましい。Ｈ 大容量外部記憶装置は、ＲＡＩＤ6などの三重冗長性を確保して有効記憶容量を10ＰＢ以上有すること。また、運用時において、全てのノードを結線するスイッチ群から全てのディスクコントローラへの物理的なデータアクセスに対し冗長性を有すること（ディスクコントローラから物理ディスクまでのデータパスは除く）。大容量外部記憶装置の一部は、高速かつ高信頼な並列型共有ファイルシステムにより、全てのサーバから高速にアクセス可能なこと。このファイルシステムを含む、全てのファイルシステムは動的にフェイルオーバーする冗長性を有すること。Ｉ 計算ノードと共有ファイルシステム間の物理入出力性能は、全ノード合計で120ＧＢ/ｓ以上であること。これはファイルシステムへアクセスするのに必要なすべての構成部品（二次記憶コントローラ、ネットワーク等）を考慮した性能である。考慮しない場合の物理入力性能は全ノード合計で240ＧＢ/ｓ以上であること。Ｊ 一部階層ストレージ管理機能を利用し、記憶容量の50％以下をＭＡＩＤやテープ等で補う構成での提案を許容し、資料を招請する。この際にＭＡＩＤやテープ等から共有ファイルシステムへの転送速度が5ＧＢ/ｓ以上であること。Ｋ ＤＤＢＪデータベース構築に必要な分散ＲＤＢシステムをThin計算ノード上で稼働させるため、20ＴＢ以上のＲＡＩＤ6構成のディスクを4式以上持つこと。Ｌ Thin計算ノードのうちの一部を用いて、ＤＤＢＪホームページ、キーワード検索、WebAPIを提供することができるように、(1)適切なセキュリティ管理が行えること(2)20ＴＢ以上のＲＡＩＤ6構成のディスクを2式以上持つこと。Ｍ ネットワーク装置は、外部に対してはＳＩＮＥＴ4に対して40Gbps以上で接続可能とすること。Ｎ Asperなどの高速なデータ転送機構を有すること。Ｏ ＰＵＥ（Power Usge Effectiveness)を年平均1.4以下にするような省電力機構を提案すること。Ｐ 停電発生時に上記スーパーコンピュータ及び大容量ストレージシステムを安全にシャットダウンできるだけの容量のＵＰＳ装置を備えること。
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